เมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2541 สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ได้เสด็จพระราชดำเนินทรงงาน ณ วนอุทยานถ้ำปลา ท้องที่บ้านห้วยผา หมู่ที่ 1 ตำบลห้วยผา อำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน จังหวัดแม่ฮ่องสอน พระองค์ได้ทรงปล่อยพันธุ์ปลาน้ำจืด และทอดพระเนตรฝูงปลาพลวงหินที่อาศัยอยู่ในบริเวณแหล่งน้ำถ้ำปลาเป็นจำนวนมาก
ปัจจุบันแหล่งน้ำถ้ำปลา เป็นแหล่งน้ำศักดิ์สิทธิ์ ตั้งอยู่ในเขตอุทยานแห่งชาติถ้ำปลา-น้ำตกผาเสื่อ
เป็นถ้ำใต้เชิงเขาหินปูน มีธารน้ำใสไหลออกมาจากถ้ำตลอดทั้งปี บริเวณปากถ้ำกว้าง ประมาณ 2 เมตร ลึก 1.5 เมตร บริเวณนี้เป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของปลาพลวงหินหรือปลามุงเป็นจำนวนมาก เดิมเมื่อครั้งบรรพกาลเล่าขานกันว่า บริเวณถ้ำปลาแห่งนี้เป็นสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ เคยเป็นที่พำนักของนักพรตฤๅษีทั้งหลายที่ได้มาบำเพ็ญตบะ ชาวบ้านจึงมีความเชื่อและศรัทธาว่า เหล่าปลาพลวงเป็นบริวารขององค์ฤาษี หากใครจับมารับประทานจะต้องมีอันเป็นไปถึงชีวิต
แหล่งน้ำศักดิ์สิทธิ์ถ้ำปลาแห่งนี้ เคยเป็นสถานที่สำคัญในการประกอบพิธีพลีกรรมตักน้ำและเสกน้ำพระพุทธมนต์ศักดิ์สิทธิ์ เนื่องในโอกาสพระราชพิธีมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 80 พรรษา 5 ธันวาคม พ.ศ. 2550 และพิธีพลีกรรมตักน้ำและเสกน้ำพระราชพิธีเสด็จออกมหาสมาคมรับการถวายพระพรชัยมงคล เนื่องในโอกาสมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 7 รอบ 5 ธันวาคม พ.ศ. 2554 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 9 รวมทั้งพิธีพลีกรรมตักน้ำจากแหล่งน้ำศักดิ์สิทธิ์ถ้ำปลา เพื่อจัดทำน้ำอภิเษกในการพระราชพิธีบรมราชาภิเษก พุทธศักราช 2562 และใช้ประกอบพิธีเสกน้ำพระพุทธมนต์ศักดิ์สิทธิ์ เนื่องในการจัดงานเฉลิมพระเกียรติ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 10 เนื่องในโอกาสมหามงคลเฉลิมพระชนมพรรษา 72 พรรษา เมื่อปี พ.ศ. 2567
